Por ahí va la cosa y cuando lo pongas, usa GeShi en modo bash  

package com.ficheros.foro;
 
import javax.swing.*;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.BufferedWriter;
import java.io.IOException;
import java.nio.charset.Charset;
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Path;
import java.nio.file.Paths;
import java.time.LocalDate;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.Objects;
import java.util.logging.Logger;
 
/**
 * autor @rub´n
 * https://foro.elhacker.net/java/ayuda_con_lectura_y_escritura_en_ficheros_java-t495247.0.html
 */
public class RelPerCen {
 
    private static final Logger LOGGER = Logger.getLogger(RelPerCen.class.getSimpleName());
    private static final String MATCHES = "|             |";
    private static final String REEMPLAZO = "|" + LocalDate.MIN.toString() + "|";
    private static final String REPLACE = "[\\]\\[]";
 
    public static List<String> leerFichero(final String nombre) {
        final List<String> list = new ArrayList<>();
        LOGGER.info("Raiz de proyecto" + Paths.get(".").toAbsolutePath().toString());
        try (final BufferedReader br = Files.newBufferedReader(Paths.get(nombre), Charset.defaultCharset())) {
            LOGGER.info("Leyendo el fichero de empleados\n");
            String line = "";
            final StringBuilder sb = new StringBuilder();
            while (Objects.nonNull(line = br.readLine())) {
               if (!line.contains(MATCHES)) {
                    final String s = line.replace(MATCHES, REEMPLAZO);
                    sb.append(s)
                            .append(System.lineSeparator());
                }
                if (line.contains(MATCHES)) {
                    final String s = line.replace(MATCHES, REEMPLAZO);
                    sb.append(s)
                            .append(System.lineSeparator());
                }
            }
            /**
             * Despues del while
             */
            list.add(sb.toString());
        } catch (IOException ex) {
            JOptionPane.showMessageDialog(null, "No existe el fichero");
            LOGGER.severe("No existe el fichero " + ex.toString());
        }
        return list;
    }
 
    public static void escribir(final List<String> empleado, final String nombreFichero) {
        try (final BufferedWriter bw = Files.newBufferedWriter(Paths.get(nombreFichero))) {
 
            bw.write(empleado.toString()
                    .replaceAll(REPLACE, ""));
 
        } catch (IOException ex) {
            LOGGER.severe("Error al escribir fichero " + ex.toString());
        }
    }
 
    public static void main(String... blablablablabla) {
        final RelPerCen r = new RelPerCen();
        /**
         * Leer el fichero completamente
         */
        final List<String> ficheroLiedo = r.leerFichero("ficheroEmpleados.txt");
        /**
         * Crear el fichero con las fechas de cese en LocalDate.MIN
         */
        r.escribir(ficheroLiedo, "ficheroEmpleadosConFechaDeCese.txt");
    }
}

Título: PERSONAL DEL CENTRO
Autor: Aplicación Séneca, CONSEJERÍA DE EDUCACIÓN Y DEPORTE, Junta de Andalucía
Fecha de creación: 30/04/19 - 10:01
 
 
---------------------------------------+----------------------------------------+-------------------------+-------------+---------+-----------
Empleado/a                             |Puesto                                  |Fecha de toma de posesión|Fecha de cese|Evaluador|Coordinador
---------------------------------------+----------------------------------------+-------------------------+-------------+---------+-----------
Aldridge Torres, Pérez                 |Física y Química P.E.S.                 |01/09/2012               |-999999999-01-01|Sí       |No
Álvarez Ortega, María Dolores          |Pedagogía Terapeutica Eso               |01/09/2005               |-999999999-01-01|No       |No
Baquero Reyes, Cristina                |Biología y Geología P.E.S.              |18/02/2019               |30/04/2019   |No       |No
Bermúdez Iñiguez, José Luis            |Geografía e Historia P.E.S.             |01/09/2018               |30/06/2019   |No       |No
Beswick Algarrada, Cristina            |Orientación Educativa P.E.S.            |01/09/2008               |-999999999-01-01|No       |No
Blanco Borrego, Mirian                 |Física y Química P.E.S.                 |01/09/2004               |-999999999-01-01|No       |Sí
Borrego Alcaide, Miguel Ángel          |Lengua Castellana y Literatura P.E.S.   |01/09/2018               |30/06/2019   |No       |No
Butrón Cobo, Lucía                     |Administración de Empresas P.E.S.       |25/09/2018               |09/03/2019   |No       |No