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Ah, bueno, discúlpame tu a mi por no entenderte correctamente, pero entonces, ¿estamos hablando de un paquete APK o de un cliente (EXE) para Windows?, en el primer caso, y junto a los conocimientos de Java, quizás esto te pueda servir:
-> instalador para windows: https://bintray.com/vaibhavpandeyvpz/generic/apkstudio/view
EDITO:
Supuestamente, y digo supuestamente por que nunca había intentado descompilar un APK hasta ahora, esto va así:
El paquete APK no es más que un contenedor zip, así que simplemente debes utilizar un descompresor de archivos o el programa apktool o apkstudio (que al parecer es un simple wrapper de apktool) para comprobar si existe un archivo llamado classes.dex, entonces lo extraes, y puedes convertir ese contenedor a formato Jar con la aplicación Dex2Jar: https://github.com/pxb1988/dex2jar/releases luego tienes que decompilar el archivo .Jar resultante, con DJ Java Decompiler o AndroChef Java Decompiler por ejemplo, entonces realizas las moificaciones que desees, reconstruyes el Jar con el mismo decompiler que usaste, reconstruyes el archivo dex con la otra aplicación, y por último reconstruyes el archivo APK con la aplicación que corresponda que ya mencioné al principio.
Ahora, puede darse el caso de que el archivo classes.dex no se encuentre en el interior del contenedor APK, de hecho eso parece ser lo más común, y entonces al parecer tienes que seguir los mismos pasos mencioandos, pero con un archivo que acabe en extensión ".odex"+
Pero hay otro problema, se puede dar el caso en que un contenedor APK no contenga ni un archivo classes.dex ni ningún archivo acabado en extensión ".odex", y ahí ya si que no se que hacer.
Saludos!
Realmente el formato .apk se puede descomprimir simplemente renombrando el archivo a .zip (es el mismo tipo de compresion) -> instalador para windows: https://bintray.com/vaibhavpandeyvpz/generic/apkstudio/view
EDITO:
Supuestamente, y digo supuestamente por que nunca había intentado descompilar un APK hasta ahora, esto va así:
El paquete APK no es más que un contenedor zip, así que simplemente debes utilizar un descompresor de archivos o el programa apktool o apkstudio (que al parecer es un simple wrapper de apktool) para comprobar si existe un archivo llamado classes.dex, entonces lo extraes, y puedes convertir ese contenedor a formato Jar con la aplicación Dex2Jar: https://github.com/pxb1988/dex2jar/releases luego tienes que decompilar el archivo .Jar resultante, con DJ Java Decompiler o AndroChef Java Decompiler por ejemplo, entonces realizas las moificaciones que desees, reconstruyes el Jar con el mismo decompiler que usaste, reconstruyes el archivo dex con la otra aplicación, y por último reconstruyes el archivo APK con la aplicación que corresponda que ya mencioné al principio.
Ahora, puede darse el caso de que el archivo classes.dex no se encuentre en el interior del contenedor APK, de hecho eso parece ser lo más común, y entonces al parecer tienes que seguir los mismos pasos mencioandos, pero con un archivo que acabe en extensión ".odex"+
Pero hay otro problema, se puede dar el caso en que un contenedor APK no contenga ni un archivo classes.dex ni ningún archivo acabado en extensión ".odex", y ahí ya si que no se que hacer.
Saludos!
Segun el compañero lo que has mencionado lo sabe hacer o eso a dicho en su primer comentario pero el problema es que quiere modificar una apk que no sabe en que lenguaje esta escrito (parece extraño que no este en java) pero como sigue sin dar la referencia de que apk es no sabemos aun el lenguaje que utiliza
Porfavor di exactamente la aplicacion que es, sino seguimos sin poder ayudarte.
Saludos
Pd: una explicacion muy completa la de obtencion del codigo fuente
ya decia yo... A esos precios... 
) aqui te dejo un curso desde cero en caso de que no hayas programado nunca nada te recomendaria esta lista (hasta el episodio 32) 