El código es un poco difícil de entender 

De verdad es necesario esto?

void jugador1(char *marca,bool *jugador,char *tirada,int *error,char *c1,char *c2,char *c3,char *c4,char *c5,char *c6,char *c7,char *c8,char *c9);

#define FILAS    9
#define COLUMNAS 9
 
 
char Tablero[FILAS][COLUMNAS];

Y vas recorriendo la matriz con i y j, te ahorras muchas variables... 

De todas formas, si solo necesitas saber en que falla, puedes tirar de debugger y ver cuando y donde falla 

Saludos

int valor1(char col1[8])
int valor2(char col2[8])
float factor(char fac[8])
int tolerancia(char num2[8])

int valor1(char col1[])
int valor2(char col2[])
float factor(char fac[])
int tolerancia(char num2[])

int calificacion;

Lo primero que veo es que declaras calificación como un entero, y luego lo comparas como un carácter  

  while ( ( calificacion = getchar() ) != EOF ) {
 
       getchar(); #Este getchar esta para que se coma el intro
 
       if( (char)calificacion =='a' || (char)calificacion == 'A' )
               ++cuentaA;
       else if( (char)calificacion =='b' || (char)calificacion == 'B' )
               ++cuentaB;
       else if( (char)calificacion =='c' || (char)calificacion == 'C' )
               ++cuentaC;
       else if(  (char)calificacion =='d' ||  (char)calificacion == 'D' )
               ++cuentaD;
       else if(  (char)calificacion =='f' ||  (char)calificacion == 'F' )
               ++cuentaF;
       else{
               printf( "**Introdujo una letra incorrecta**" );
               printf( "\nIntroduzca una nueva calificacion: " );
       }
  }

Si te fijas he añadido un getchar() para que se coma el intro, tal y como lo tienes puesto, cuando introduces un caracter, por ejemplo la 'a', en el buffer se queda algo como 'a\n', ya que \n es el salto de linea, por lo que incrementaria cuentaA y luego verias el error del caracter incorrecto, al poner el getchar, lo que haces es calificacion = (int)a; y el siguiente getchar, se traga el \n 

Saludos

#include <conio2.h>