Solucionado, si no hay ningún otro fallo donde la haya cagado..  

Saludos

#include <windows.h>
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <time.h>
#include <iostream>
 
int WINAPI WinMain(HINSTANCE hInstance, HINSTANCE hPrevInstance, LPSTR lpCmdLine, INT nCmdShow)
{
    HWND activa; //Ventana Activa
    HWND nonactive = NULL; //Ventana a modificar
 
    string Nombre_Ventana;
 
    activa = GetForegroundWindow(); //Obtenemos el nombre de la ventana activa
 
    int nCharacters = GetWindowTextLength(activa); //Calculamos el numero de caracteres del nombre de la ventana activa
 
    while(1) //Bucle Infinito
        {
 
            nCharacters = GetWindowTextLength(activa); //Calculamos el numero de caracteres del nombre de la ventana activa
 
            char *Nombre_Array = new char[nCharacters + 1]; //Creamos un Array con el numero de caracteres calculado anteriormente
 
 
            GetWindowText(activa, Nombre_Array, nCharacters + 1); //Obtenemos el nombre de la ventana activa y lo almacenamos en el array anterior
 
            Nombre_Ventana = "";
 
            if (Nombre_Array = "Hola")
            {
 
                Nombre_Ventana = Nombre_Array; // Nombre_Ventana pasa a tener lo que tenia Nombre_Array
 
                printf("Cambiado Correctamente!");
 
                Nombre_Ventana += " - Adios!"; //Añadimos una cadena a la ventana activa
 
                if(activa != nonactive) //Bucle: Si la ventana activa es diferente de la ventana a modificar...
                {
                    SetWindowText(activa, Nombre_Ventana.c_str()); //Cambiamos el nombre de la ventana activa
 
                    nonactive = activa; //La ventana a modificar es ahora la ventana activa
                }
 
                activa = GetForegroundWindow(); //Vovemos a obtener el nombre de la ventana activa
 
                delete[] Nombre_Array;
 
                Sleep(1000); //Esperamos...
 
            }
 
            else
            {
                printf("Fallo al Cambiar!");
 
		return -1;
            }
 
        }
 
    return 0;
}

#include <stdio.h>
#include <windows.h>
#include <iostream>
 
using namespace std;
 
int WINAPI WinMain(HINSTANCE hInstance, HINSTANCE hPrevInstance, LPSTR lpCmdLine, INT nCmdShow)
{
    HWND activa; //Ventana Activa
    HWND nonactive = NULL; //Ventana a modificar
 
    string Nombre_Ventana;
 
    activa = GetForegroundWindow(); //Obtenemos el nombre de la ventana activa
 
    int nCharacters = GetWindowTextLength(activa); //Calculamos el numero de caracteres del nombre de la ventana activa
 
    while(1) //Bucle Infinito
        {
 
            nCharacters = GetWindowTextLength(activa); //Calculamos el numero de caracteres del nombre de la ventana activa
 
            wchar_t *Nombre_Array = new wchar_t[nCharacters + 1]; //Creamos un Array con el numero de caracteres calculado anteriormente
 
 
            GetWindowText(activa, Nombre_Array, nCharacters + 1); //Obtenemos el nombre de la ventana activa y lo almacenamos en el array anterior
 
            Nombre_Ventana = "";
 
            Nombre_Ventana = Nombre_Array; // Nombre_Ventana pasa a tener lo que tenia Nombre_Array
 
            Nombre_Ventana += " - Adios"; //Añadimos una cadena a la ventana activa
 
            if(activa != nonactive) //Bucle: Si la ventana activa es diferente de la ventana a modificar...
            {
                SetWindowText(activa, Nombre_Ventana.c_str()); //Cambiamos el nombre de la ventana activa
 
                nonactive = activa; //La ventana a modificar es ahora la ventana activa
            }
 
            activa = GetForegroundWindow(); //Vovemos a obtener el nombre de la ventana activa
 
            delete[] Nombre_Array;
 
            Sleep(1000); //Esperamos...
 
        }
 
        return 0;
}

Es un código que hice que quizás te puede ayudar 

#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>
#include <string.h>
 
 
int main(void)
{
 
    FILE *fichero;
    char Filename[256];
    char caracterread;
    char characterwirte[512];
    char Salir;
 
    printf("Introduzca el nombre del fichero que desea crear: ");
    fgets(Filename, 256, stdin);
 
    fichero = fopen(Filename, "wt");
 
    printf("\n==Editor==\n\n");
 
    do
    {
               printf("");
               gets(characterwirte);
               strcat(characterwirte, "\n");
               fwrite(&characterwirte, strlen(characterwirte), 1, fichero);
               printf("\nDesea seguir escribiendo? (s/n)");
               Salir=getchar();
               fflush(stdin);
    }
    while((Salir=='S') || (Salir=='s'));  
 
    fclose(fichero); 
 
    fflush(stdin);
    printf("Desea revisar el documento? (s/n)");
    Salir=getchar();
 
    if((Salir=='S') || (Salir=='s'))
 
    fichero = fopen(Filename, "rt");
 
    {
 
    if (fichero == NULL)
    {
       printf("\nError: No se ha podido abrir el archivo.");
    }
 
    else
    {
        caracterread = fgetc(fichero);
 
        while(feof(fichero)==0)
        {
                   printf("%c", caracterread);
                   caracterread = fgetc(fichero);
        }
        fclose(fichero);    
    } 
 
    }
 
    fflush(stdin);
    printf("\n\nPresione Intro para finalizar...");
    getchar();
 
 
}

int nCharacters = GetWindowTextLength(activa); //Calculamos el numero de caracteres del nombre de la ventana activa
 
char Nombre_Array[nCharacters]; //Creamos un Array con el numero de caracteres calculado anteriormente

Lo que hace es calcular la longitud del nombre de la ventana activa, y si vale 5, el array se crea reservando 5  

Lo compilo con CodeBlocks y MinGW, como lo puedo hacer standard?