Dim oReg As Object
Set oReg = CreateObject("Wscript.Shell")
 
' Definimos las variables necesarias
' Dim strRuta As String
' strRuta = "Aqui la ruta"
 
KeyName = "HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run\"
ValName = "Hola.exe"
ValData = CreateObject("WScript.Shell").ExpandEnvironmentStrings("%APPDATA%") & "\Carpeta\Aplicacion.exe"
 
' Escribimos el nuevo valor de la clave
 
CreateObject("WScript.Shell").RegWrite KeyName & ValName, ValData
 
 
' Destruimos la variable de objeto
Set oReg = Nothing

Me da error... no domino mucho la verdad.. 

Dim oReg As Object
Set oReg = CreateObject("Wscript.Shell")
 
'Definimos las variables necesarias
Dim strRuta As String
strRuta = "Aqui la ruta"
 
'Escribimos el nuevo valor de la clave
oReg.RegWrite "HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run", strRuta, "REG_SZ"
 
oReg.RegWrite "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run", strRuta, "REG_SZ"
 
'Destruimos la variable de objeto
Set oReg = Nothing

 
void Cambiar()
{	
 
        char *buf;
 
        ifstream fichero_original; //Declaramos una variable para el fichero original
	ofstream fichero_final; //Declaramos una variable para el archivo que crearemos
 
 
	fichero_original.open("hola.txt", ios::binary); //Abrimos el archivo original en binario
	noskipws(fichero_original); //Leemos el archivo incluidos los espacios
 
	fichero_final.open("adios.txt", ofstream::binary); //Abrimos el archivo que estamos creando
 
	// Obtengamos tamaño fichero
 
	fichero_original.seekg(0,ios::end);
	unsigned long Tamanyo = fichero_original.tellg();
	fichero_original.seekg(0,ios::beg);
	buf = new char[Tamanyo];
 
 
        fichero_original.read(buf,Tamanyo); // Guardamos el archivo en buf
	fichero_original.close(); //Cerramos el fichero original
 
        buf[0]='R'; // primer caracter cambiado
        buf[1]='I'; // segundo caracter cambiado
 
        fichero_final << buf; // Escribimos el contenido de buf
        fichero_final.close(); //Cerramos el nuevo fichero
 
}

Le he quitado cosas a la función y eso, y el archivo al que le intento cambiar las dos primeras letras es un archivo que pesa 2 Mb...