#include <stdio.h>
 
int Nombre_Nota_Suma(int Nota_Media); //Funcion que pide las notas del alumno
 
 
struct TFicha //Estructura que almacena los datos del alumno
{
 char Nombre[30]; //Variable para el nombre del alumno
 char Materia[30]; //Variable para la materia
 int Notas[3]; //Variables para las 3 notas
};
 
int main (void)
{
    int Resultado = 0; //Le damos un valor inicial
 
    if(Nombre_Nota_Suma(Resultado)>=50)
    {
        printf("\nEl Alumno ha aprobado!\n");
    }
    else
    {
        printf("\nEl Alumno ha suspendido!\n");
    }
 
    fflush(stdin);
    printf("\nPresiona Intro para finalizar...");
    getchar();
 
}
 
int Nombre_Nota_Suma(int Nota_Media)
{
    struct TFicha Ficha_Alumno;
 
 
    printf("Introduzca el nombre del Alumno: ");
    fgets(Ficha_Alumno.Nombre, 30, stdin);
 
    printf("\nIntroduzca la Materia: ");
    fgets(Ficha_Alumno.Materia, 30, stdin);
 
    int n;
 
    for(n=0; n<3; n++)
    {
        printf("\nIntroduzca la Nota %d: ", n+1);
        scanf("%d", &Ficha_Alumno.Notas[n]);
        Nota_Media = Ficha_Alumno.Notas[n] + Nota_Media;
    }
 
    return Nota_Media;
 
}

Editado

Si de la manera en que lo pones te falla, puedes hacerlo también de esta manera, aunque no es la mejor, quizás te funciona... 

#include <iostream>
#include <stdlib.h>
char buff[1];
void entrada(){
     printf("texto para entrada: ");
     scanf("%s",buff);
     salida(); // <-- Usas la funcion salida dentro de la funcion entrada
}
void salida(){
     printf("fin");
}
int main (){
    entrada();
    system("cmd.exe /c pause");
    return 0;
}

#include <stdio.h>
 
void entrada();
void salida();
 
int main ()
{
    entrada();
 
    fflush(stdin);
    getchar();
}
 
void entrada()
{
    char buff[1];
 
    printf("texto para entrada: ");
    scanf("%s",buff);
 
    salida(); // <-- Usas la funcion salida dentro de la funcion entrada
 
}
void salida()
{
    printf("\nfin");
}

scanf(" %s[^\n]",&nombre_apellido);

gets(nombre_apellido);

#include <stdio.h>
 
void entrada();
void salida();
 
int main ()
{
    entrada();
 
    salida();
 
    fflush(stdin);
    getchar();
}
 
void entrada()
{
    char buff[1];
 
    printf("texto para entrada: ");
    scanf("%s",buff);
 
}
void salida()
{
    printf("\nfin");
}