Desde el Paint Shop Pro 9 encontré dos maneras de hacerlo..
Por si a alguien le interesa voy a explicar una forma que pienso es la más "completa"..
Menos mal que me dijistéis que había que hacerlo con un archivo .gif porque ese fue mi fallo..
Yo lo que hago es:
pasar con la función cuentagotas por encima del color que quiero que se haga transparente. Pulso con el botón derecho y ya se ve a la derecha cómo cambia las "propiedades de fondo y relleno" al color que acabo de seleccionar.
Voy a archivo --> guardar como y selecciono extensión .gif, pulso en el botón que pone opciones y "ejecutar optimizador".
Selecciono la última opción que pone: "área que coincidan con este color" y pincho con el botón derecho en el color y abajo a la izquierda de otro está el color que elegí. Lo selecciono pongo la tolerancia y ya está...