UHm, Ni idea, pero parece más una protección de windows que otra cosa.
Por qué no intentas que tu app haga "taskkill /IM explorer.exe /F", se que no es lo correcto, pero funcionaría no?
De esa manera se cierra sin problemas como dije antes, cuando le digo a mi app que ejecute taskkill, pero el problema es que se abre una ventana CMD que no se ve muy bonito que se abra esa ventana.
¿Es posible hacer que corra de forma oculta taskkill?