¿Pero como lo puedo aplicar para ambos casos en una sola consulta?
Usa case when en la select
select case when genero = 'masculino' then 'm' else 'f'
no te hace falta el replace en este caso, aunque podias hacer un replace anidado
replace(replace(Genero, 'masculino', 'm'), 'femenino', 'f')
para este caso te recomiendo case when
Un abrazo,