En alguna parte de tu código en el momento de crear la ventana(alguna de las ventanas hijas) has de tener;
setDefaultCloseOperation
(JFrame.
EXIT_ON_CLOSE);
Eso cierra todo el programa después de presionar la equis, cámbialo por;
setDefaultCloseOperation
(JFrame.
DISPOSE_ON_CLOSE)
Eso sería sólo para las ventanas hijas.
Un saludo