Tienes esto en esas funciones:
Código
for(e=0;e<LecturasPorDia;e++){ for(j=1;j<=LecturasPorDia;j++){ if (j>e){ aux = e; e=j; j=e; } } }
pero no hace nada( observa que a e le cambias el valor pero después lo igualas a 0 antes de utilizar su valor anterior, la variable j núnca la utilizas en esa función). tienes que ir probando todas las temperaturas del arreglo;
Código
for(e=0;e<LecturasPorDia;e++){ if(ArrayDeDatosta[e].temperatura < Las5MásBajasEncontradasAnteriormete ) { //Guardar ArrayDeDatosta[e].temperatura en las 5 más bajas encontradas y eliminar la más alta de las 5 encontradas } }