Apoyo a Yoya, pero como todas las cosas tiene un pero.
DOCUMENTACIÓN, documentar el código sirve bastante.
Y aunque suene como matar una mosca con un cañón, uno puede utilizar una gramática más alta dentro de la
Jerarquía de Chomsky para solucionar los problemas. (buscar Antlr, JavaCC, etc..)
Bueno el problema está en:
Pattern patEnzimas= Pattern.compile("[[GGCC]*|[GGTACC]*|[TTCGAA]*|[TGATCA]*]+");
LO ESTÁS DEFINIENDO MAL!
Al utilizar [] estás definiendo una clase o un grupo. Lo que hace es hacer match a lo que se encuentre definido dentro de los corchetes [] (así los llamamos acá).
en tu caso lo más correcto seria utilizar esto
((GGCC)*|(GGTACC)*|(TGATCA)*)+
Saludos!