Esta respuesta está totalmente fuera por los siguientes motivos:
-Está claro que no quiere hacerlo sobre un caso concreto, pretende crear un programa que lo logre.
-En un foro de Java no tiene cabida que le ofrezcas un Live CD para intentar lograr por un método externo, como ya he dicho, habiéndolo pedido en java.
Respecto a la pregunta, podrías investigar un poco sobre hashdump de windows y de que manera crackear luego la hash obtenida del sistema operativo, como ya te han comentado, lo suyo es con JNA o JNI.
Saludos