Sí. Ten en cuenta que BlueJ NO ES UN COMPILADOR, es un IDE. El compilador es javac. Ahora, si estás buscando IDE, te digo cuales son, en mi opinión, los mejores: Eclipse y NetBeans.
No conozco ninguna... lo mejor es que tu la hagas solito (no es muy difícil) Aunque se alguno sabe, que postee por que sería interesante ver cómo trabaja.
Lo que sucede es que a include debes pasarle el nombre de un fichero, y este lo INCLUYE dentro del principal. Pero, como el procesamiento de dicho fichero se hace después de hacer el "include", NO puedes hacer que se procese una petición get.
En conclusión, no se puede como lo estás haciendo. Pero, ten en cuenta que una vez que hayas incluido el archivo NORMALMENTE (solo "usuarios.php"), este puede recoger las variables GET del archivo principal. Por lo que podrías entonces desde el navegador: blabla.com/principal.php?id=3, y ese id lo va a poder procesar usuarios.php.