Fíjate que además estés compilando y ejecutando referenciando los jars, es decir, añadirlos en el classpath. Por ejemplo:
En Windows:
javac -cp archivo.jar;otro.jar;. Archivo.java #para compilar
java -cp archivo.jar;otro.jar;. Archivo #para ejecutar
En Gnu/Linux:
javac -cp archivo.jar:otro.jar:. Archivo.java #para compilar
java -cp archivo.jar:otro.jar:. Archivo #para ejecutar
Un saludo.