Parece que no hayan creado un logout anti-CSRF jamás.

En el login se crea una variable en $_SESSION que se llame token, algo así:

/* Login succesful */
$_SESSION['token'] = md5(sha1(rand(1,100000)); // Por ejemplo
 

Luego, se pone esto como enlace al logout :

<a href="logout.php?token=<?php echo $_SESSION['token']; ?>">Logout </a>
 

Y en logout.php

if ($_SESSION['token'] == $_GET['token'] )
{
session_destroy();
}
 

En mi opinión usar la base de datos no es necesario.

porque te descarga directamente toda la jerarquía de directorios de modo que lo puedas ver con el explorador de archivos de una manera más sencilla.

+0.5

Otra cosa útil es usar :
Que te descarga todos los archivos de la web (que estén enlazados en alguna parte de la web accesible) y así puedes observar como van los directorios.

Que no suelen estar en utf-7 para facilitarte este tipo de bypass del filtro.

En ese caso me parece que es un filtro en plan htmlentities() y se podía saltar dependiendo de que codificación fuera. En el caso de que fuera utf-7 podrías mandar la siguiente cadena :
y te devolvería el alert(/XSS/) , pero no creo que sea muy común eso.

1)
  Para saber eso puedes encontrar las variables por medio de inputs, aunque muchas veces te puedes encontrar enlaces así
Y ahí puedes probar con los típicos payloads de lo que quieras buscar. Los XSS más fáciles de encontrar están en las típicas cajas de búsqueda.

2)
 Yo personalmente no recomiendo los escaners ni por aprendizaje ni por eficacia ya que dan muchos falsos positivos.

3)
 Primero puedes inyectar los payloads más típicos y ver como se comporta la aplicación dependiendo como filtre los carácteres, a partir de ahí puedes seguir investigando que puedes hacer.

Lo de saltar  magic quotes depende de como estén puestas, de todas formas si solo filtra las quotes no protege nada ya que puedes inyectar algo así :
o 4)
 Si no encuentras otra forma es bastante útil.

5)
Yo nunca lo he intentado, pero si no tienes más remedio...

de hecho ,en el suenio le decía a mi padre que la c57 (creo que no se llamaba así pero bueno) era una shell que no me gustaba nada y no se la recomende.
 Me desperté pensando en wtf obviamente xD

Yo una vez soñé que iba a una especie de "bar de webshells" con mi familia y me pedía una C99.
Fue bastante raro.

En cuanto a que todo sigue, lo siento, pero no puedes demostrarlo.