A ver si te entendí quieres leer lo que se encuentra en el portapapeles y ejecutarlo o solo quieres leer un archivo txt y ejecutar lo que esta adentro
si es lo primero creo que desde batch no se puede, solo se puede escribir en el, osea copiar con el comando CLIP mas no se puede pegar osea leer el portapapeles
para leer lo que se encuentra en el porta papeles tendrias que hacer un archivo vbs con lo siguiente
option explicit
dim objclip,CopyText
Set objclip = CreateObject("htmlfile")
CopyText = objclip.ParentWindow.ClipboardData.GetData("text")
MsgBox CopyText
y si es lo segundo, es solo leer el archivo txt en batch, hay muchos tutoriales en internet como leer un archivo txt en batch
saludos