En un archivo batch-script tienes que duplicar el símbolo % de la variable del FOR:

for %%f in (prueba_2017.log) do type "%%f" >>Ping.txt

Al escribir la instrucción directamente en la CMD, tienes que reducir la cantidad (escribir un % en lugar de dos %%), por eso solo te funciona en la CMD...

De todas formas ese comando no te va a funcionar para el propósito que quieres, puesto que la sintaxis es incorrecta, así lo que haces es leer el nombre del archivo, no las lineas de texto que contiene el archivo... para eso debes usar un FOR /F:

(
    For /F "UseBackQ Tokens=* Delims=" %%# In ("Input.txt") Do (Echo %%~#)
)>"Output.txt"

...Pero si tu intención es, literálmente hablando, copiar el contenido de un archivo a otro, ¿entonces por qué estás usando un FOR para intentar leer las lineas una a una? (además el comando FOR ignorará cualquier linea vacía...), eso es completamente innecesario además de expensivo, en su lugar puedes usar el comando Copy.

Copy "Input.txt" "Output.txt"

...O en su defecto, también puedes utilizar el comando Type (sin un FOR de por medio).

(Type "Input.txt")>"Output.txt"

Saludos