habría que ver que es lo que quieren o esperan quienes te dan el ejercicio, hay muchas formas de resolver esto, inclusive me cauda gracia el término array, es una lista como tal, según lo que pusiste un ejemplo:
#-*- coding: utf -8 -*-
print("Introduzca la posición de los cinco números:")
numeros=[int(x) for x in input(">> ").split()][::-1]
movimientos = [int(x) for x in input("Introduzca los movimientos que va a realizar: ").split()]
temp=numeros[:]
for j in movimientos:
numeros[0] = numeros[j-1]
numeros[j- 1] = temp[0]
temp=numeros[:]
print(numeros) #opcional
print("El número que se encuentra en la cima de la torre es el: ",numeros[0])
como dije es una de las tantas formas, no te muestro otra porque no me interesa el criterio que tengan los que esperan la respuesta.