Hay varias soluciónes para eliminar virus en el MBR y con un formateo no se eliminan ya que se guarda en un sector de memória del disco donde para que me entiendas windows "no accede".
Para eliminar un virus en el MBR prueba lo siguiente a ver si funciona:
1º Descarga la siguiente herramienta:
MBRFix, guardala en el raíz del disco C ya que posteriórmente la deberás ejecutar desde la consola y por comodidad es mejor.
2º Reinicia en "modo a prueba de fallos" tu ordenador. De esta forma utilizarémos la herramienta desde este modo.
3º Ahóra te tocará abrir la CMD/Consola, para ello ve al boton de INICIO, mira en EJECUTAR o en la ventanita de "buscar" y dale a (cmd). Ahóra tienes la ventanita negra abierta donde deberás escribir el siguiente comando:
C:/mbrfix /drive 0 listpartitions
4º Con el anterior comando podrás ver una lista de las particiónes que tienes en el disco duro denominado como master, es decir el primero de todos (drive 0). Ahóra podrás seleccionar las particiónes a reparar. Aquí te pongo un caso de ejemplo:
Sistema con dos particiónes al poner el comando del punto 3 te devolveria:
1 Yes 15460 7 NTFS or HPFS
2 0 0 None
Si queremos reparar la partición 1, en este caso solo exíste 1 ya que la otra no es detectada pondrémos el siguiente comando:
C:/mbrfix /drive 0 fixmbr
5º Una vez introducido este último comando, nos pedirá si queremos proceder, pon Y (yes). Ahóra reinicia tu ordenador y comprueba si siguen saliendo las ventanas de error.