Entonces es el primer codigo que te pase donde lo que le pasas por parametro es una cadena de la ubicacion del programa que abre el archivo y el archivo que tiene que abrir

"C:\windows\notepad.exe C:\Users\usuario\Desktop\archivo.txt"

Empieza con algo más sencillo. Buscate problemitas resueltos en java que te ayuden a entender mejor la metodologia de programacion orientada a objetos.

Lo digo como consejo. Ya tu elige lo que mejor veas oportuno.

Pensaba que lo querías para desde java crearte un acceso directo a archivos .exe de windows.

Para hacer lo que tu dices tienes que crearte un archivo.jar. En eclipse se generan automáticamente pulsando en file/export  Java/Runnable Jar File

Si quieres hacerlo manualmente busca información sobre los .jar.

try 
{ 
   /* directorio/ejecutable es el path del ejecutable y un nombre */ 
   Process p = Runtime.getRuntime().exec ("directorio/ejecutable"); 
} 
catch (Exception e) 
{ 
   /* Se lanza una excepción si no se encuentra en ejecutable o el fichero no es ejecutable. */ 
}

Es eso?

El problema es que el set text borra el anterior contenido de jtextarea
por eso te aparecia siempre solo el ultimo valor

System.out.println

LN sobra de las dos sentencias

¿Está todo dentro de un mismo archivo? Separaló en dos archivos independientes y ponle el mismo nombre al archivo que el de la clase.

A saber, la mayoría de la gente tira de IDEs para programar y no se molesta en configurar esas cosas.
Instalate Eclipse o NetBeans para futuros proyectos.

Pero el problema está cuando los exportas a jar? Cuando los llamas desde la consola java?
pon un pequeño main de ejemplo de como lo haces y como lo ejecutas para que podamos ver donde te puedes estar equivocando.

El problema de tenerla dentro es que no se puede modificar esta.

this.getClass().getResource("cadena")