Pues a mi lo que te he pasado me funciona perfectamente en mi PC.
Y no conozco de otra. Mira a ver, porque algún fallo tonto tienes que tener.

Acabo de ver el SDK para descargar desde la pagina de Oracle.
Si creáis el subforo me lo instalaré y lo seguiré de cerca.

Gracias por la explicación
Lastima que no pueda trastear la EE al ser de pago.

¿Además de de EE significa Enterprise Edition que diferencia existe entre esta y la SE?
Nunca he usado java a nivel empresarial.

p es un puntero a un objeto, lo que te ha mostrado es la dirección de memoria de este.
Prueba a cambiar C:\\Windows\\System32\\cmd.exe solo a cmd.exe (En principio debe estar en sea ruta, pero quien sabe)

Se quedaría así
"cmd.exe /K C:\\Users\\Lili\\Documents\\pruebas java\\acceso directo\\applet ad\\archi.bat"

writer = new FileWriter( "clientes.txt" );
            buffer = new BufferedWriter(writer);
            output = new PrintWriter(writer);


A printWriter tienes que pasarle buffer por parametro en el constructor y no writer como tienes puesto

Cada vez que termines una vuelta del for más externo añadele a tu cadena de texto un '\n'

cadena = cadena + '\n'

cambia archi.bat por cmd.exe /K archi.bat

Metodos de ordenación los más famosos son:
Burbuja, QuickSort, MergeSort e InsertionSort.
El más sencillo de entender es el de burbuja. Y yo personalmente crearía dos arrays uno para los negativos y otro para los positivos.
Los ordenaría por separado y por último los uniría en un único vector.

Es lo más sencillo bajo mi punto de vista.

Sabéis porque me puede dar este error cuando se lanza el hilo?

Exception in thread "VFW Request Thread" java.lang.UnsatisfiedLinkError: JMFSecurityManager: java.lang.UnsatisfiedLinkError: no jmvfw in java.library.path
	at com.sun.media.JMFSecurityManager.loadLibrary(JMFSecurityManager.java:206)
	at com.sun.media.protocol.vfw.VFWCapture.<clinit>(VFWCapture.java:19)
	at com.sun.media.protocol.vfw.VFWSourceStream.doConnect(VFWSourceStream.java:241)
	at com.sun.media.protocol.vfw.VFWSourceStream.run(VFWSourceStream.java:763)
	at java.lang.Thread.run(Unknown Source)