Bueno, no programo en C++ (sólo lo sé
leer) pero si sé algo sobre este tema.
Agrandar una sección (y más aún, la sección de código) es un dolor de cabeza bastante grande. Quizás, si el código del cripter es pequeño, podrías encontrar algún code-cave en la sección e insertarlo ahí. Pero esto no siempre es posible.
Lo que normalmente se hace es agregar una nueva sección ejecutable al EXE y desde ahi puedes reconstruir el ejecutable tal cual estaba.
Si quieres un ejemplo, puedes revisar lo que hace el packer
UPX.
De ahí seguro sacarás ideas interesantes...
Saludos!