Si haces Vec=Aux y delete Aux lo liberas todo, si acaso deberías copia el array por valorz en vez de por referencia.
Para liberar arrays, que yo recuerde,  es con delete[] en vez de simplemente delete.
Por lo demás lo he revisado por encima. Puede que haya más cosas.

Con el problema de contar los tiempos: yo he terminado de hacer este programa y me cuenta hasta los microsegundos.

#include <stdio.h>
#include <time.h>
 
int main() {
    time_t c=clock();
    long unsigned j = 1;
 
    for(long unsigned i = 0; i < 1000000000; ++i) {
        if(i == j) {
            printf("t(%lu) = %f\n", j, (clock() - c)*1.0/CLOCKS_PER_SEC);
            j *= 10;
        }
    }
    printf("t(%lu) = %f\n", j, (clock() - c)*1.0/CLOCKS_PER_SEC);
 
    return 0;
}

Las macros se expanden en tiempo de compilación. Parw ofuscar el código de descifrado esto es demasiado directo.

Si usas Unix o derivado usa el comando time. Suponiendo que tu programa se llame 'mi_programa'
escribe en el shell

time ./mi_programa

Sí, pero es muy difícil que alguien te quiera echar un capote cuándo empiezas empiezas primero de carrera y estás pidiendo ayuda para un proyecto de final de carrera.

Lo que has pedido es como:
"Me gustaría hacer un procesador de texto tipo Word, tengo este código

#include <stdio.h>
int main() {
 
    return 0;
}

¿Alguien me ayuda a terminarlo?"

El problema lo creas en como intentas leer los números

for (j = i; especie [j] != '-'; j++) {
    e.num_ejemplares = especie [j];

Puedes ver que introduces en e.num_ejemplares cada uno de los caracteres de la cadena. Mal porqué no son números en sí, son caracteres y porque a cada uno que vas encontrando lo estas metiendo en la variable mencionada sobreescribiendo el anterior.
Podriaa usar strtok y te quitarías mucho trabajo de encima pero si no puedes, porque no la habéis estudiado, puedes hacer otra cosa:
Vas leyendo cada caracter hasta ahora y miras si es un digito mediante isdigit, o te hacea tu propia función, si no la habeis estudiado.
Si el paso anterior ha tenido éxito metes el caracter en una cadena auxiliar.
Cuando tengas la cadena construida, mediante atoi, la conviertes en un número y lo metes en la variable del struct.
Si fallan los pasos anteriores paras e indicas el error.
Y así para todos los números.

También han eliminado la propuesta de Rocinante.

u = telegram_free_updates(u)

Ese código es extraño y se ve forzado y tienes muy en cuenta la buena voluntad del cliente de tu función, cuándo debería ser al revés y pensar en el peor de los casos.
Si esa persona hace lo siguiente

telegram_free_updates(u)

u seguirá apuntando a algún sitio.
Debería ser la función mismo la que llevara u a NULL.
Tendría que estar definida tal que así

void telegram_free_updates(Updates **updates) {
    Updates *u = *updates;
    if(u) {
        int i;
        for(i = 0; i < u->length; ++i)
            if(u->list[i])
                telegram_free_updates(&u->list[i]);
    }
    *updates = NULL;
}

Con esto la variable obtendrá el valor NULL.

Una cosa más. Para que esto tenga sentido entiendo que has definido Updates de la siguiente forma

typedef struct updates_t {
    /*
     * Aquí van definidos
     * campos para el uso
     * del programa
     */
    unsigned length;
    struct updates_t **list;
} Updates;

De nuevo el código me parece extraño pues el mismo tipo de datos contiene un array dinámico de sí mismo. De esta manera uno puede meter Updates dentro de Updates dentro de Updates... con lo que se pierde rápidamente el control de lo que ocurre.
Podrías implementar un tipo de dato contenedor de Updates, para que te sirviera de array dinámico, y el tipo Updates por otra parte. Con un struct anónimo tal que así

typedef struct update_t {
    /*
     * Aquí van definidos
     * campos para el uso
     * del programa
     */
} Update;
 
struct {
    unsigned length;
    Update **list;
} Updates;
 

Así te aseguras que solo hay un único array de Update en todo el programa.

C no es C++, aunque la gente se empeñe en que sí.
Es como decir que C# es C++ o JAVA.

Por una independencia de C. ¡¡¡ No mas nomenclaturas C/C++ !!!

What the?

Pues sí, los chicos de Canonical han portado BASH de su Linux a Windows 10 y éste ejecuta el entorno de forma nativa, como si fuera el propio Linux.
Este BASH viene con todo lo que se podría esperar de él: awk, sed, grep, vi, etc. y junto al gestor de paquetes apt así que se pueden descargar paquetes como emacs.

¿Qué os parece este acercamiento?

http://www.hanselman.com/blog/DevelopersCanRunBashShellAndUsermodeUbuntuLinuxBinariesOnWindows10.aspx