A ver, si entendi lo que queires, deberias modificar esta linea:
set linea=
%!linea!:amp;#=#%
Y dejarla Así
set linea=
%!linea!:
^&#=#
%
Archivo Test.xml
&
&
&
&
&
&
&
&
ÿ
ÿ
ÿ
ÿ
ÿ
ÿ
ÿ
ÿ
ÿ
ÿ
ÿ
Corriendo el script con la linea modificada :
Salida.
&#=#
&#=#
&#=#
&#=#
&#=#
&#=#
&#=#
&#=#
&#=#
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&#=#
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&#=#
Eso es lo que entendí xD
Espero haberte ayudado, aunque lo dudo xD
PD: Si quieres que CMD se "salte" algun caracter especial debes colocar el caracter "^" delante del caracter que quieres que se salte la cmd.