¿En que aspecto?
P.D. Disculpa si la pregunta te parece infantil.
Chao.
Los servers son eso Servers osea estan diseñados para tratar de ser super recontra re seguros
Nadie confiaria en un server que este lleno de vulnerabilidades
para dejarlo mas claro
Windows como es una plataforma que ocupa un gran porcentaje de la poblacion mundial practicamente es el mas atacado
Windows server esta echo para usarse como servidor asi que tienen que "ponerle cosas extra" para que no sea tan vulnerable
Ademas de ser mas estable para que pueda aguantar la demanda de los usuarios en fin
Yo creo que no vas a tener ningun problema