A no ser que te pongas a jugar con las extensiones de apache y configures que PHP también procese los archivos CSS no podrías cambiarlos de la manera de siempre xD
Lo que podrías hacer es declarar un pequeño style con PHP que se encargue de ello mediante !important. Por ejemplo:
<?php
define('GUI_TABLE_ROW_IN','FFFFFF'); define('GUI_TABLE_ROW_ON','F9F7ED');
echo '<style type="text/css">
.fila1 {background:#'.GUI_TABLE_ROW_IN.' !important;}
.fila2 {background:#'.GUI_TABLE_ROW_ON.' !important;}
</style>';
?>
Puesto que usa !important se saltara cualquier otro valor de la propiedad declarada en el CSS.
También puedes usar puro CSS para alternar los colores pero el soporte en IE es NULO (ni siquiera IE9). Seria mas o menos así:
<style type="text/css">
#tabla tr:nth-child(odd) td{background:#000;}
#tabla tr:nth-child(even) td{background:#FFF;}
</style>
Saludos