Decido hacerlo de forma manual, ya que el programa que desarrollaba era de registro y consulta y partía de la condición de que el estudiante ya había hecho su carga académica. dejo el código por si alguien lo necesita. para iniciarme en estos temas parece que estuvo bien!!!!!! dejo la parte del codigo que resuelve mi duda.

 <SELECT   name="id_materia" >
       <%
          //este es codigo java, para llamar el campo titulo de la tabla estudiante..
          Conexion con = new Conexion ();
            PreparedStatement pst =  null;
            ResultSet   rs = null;
          try{
              con.getConexion();
              String Consultas = "select * from materias ";
              pst  = con.getConexion().prepareCall(Consultas);
              rs = pst.executeQuery();

              while (rs.next()){
                  out.print("<option value="+rs.getInt(1)+">"+rs.getString("nombre")+"</option>");
              }

          }catch (Exception e){
              out.print("error"+e);
          }

       %>
            </SELECT>
            <br>
            <label>estudiante:</label>
             <SELECT   name="id_est" >
       <%
          //este es codigo java, para llamar el campo titulo de la tabla estudiante..
          Conexion con1 = new Conexion ();
            PreparedStatement pst1 =  null;
            ResultSet   rs1 = null;
          try{
              con.getConexion();
              String Consultas = "select * from estudiantes ";
              pst  = con.getConexion().prepareCall(Consultas);
              rs = pst.executeQuery();

              while (rs.next()){
                  out.print("<option value="+rs.getInt(1)+">"+rs.getString("nombre")+"</option>");
              }

          }catch (Exception e){
              out.print("error"+e);
          }

       %>
            </SELECT>
            <br>

            <label>profesor:</label>
          <SELECT   name="id_prof" >
       <%
          //este es codigo java, para llamar el campo titulo de la tabla estudiante..
          Conexion con2 = new Conexion ();
            PreparedStatement pst2 =  null;
            ResultSet   rs2 = null;
          try{
              con.getConexion();
              String Consultas = "select * from profesor ";
              pst  = con.getConexion().prepareCall(Consultas);
              rs = pst.executeQuery();

              while (rs.next()){
                  out.print("<option value="+rs.getInt(1)+">"+rs.getString("nombre")+"</option>");
              }

          }catch (Exception e){
              out.print("error"+e);
          }

       %>
            </SELECT>