Bueno si, pero siempre puedes hacer una CSS para IE y otra para los navegadores que respetan los estandares (u olvidarte de IE).
Pero CSS hace un código más limpio y facil de entender para ti y para los buscadores. Además está la ventaja de poder hacer cambios mayores en el diseño sin mucho esfuerso y sin editar cada uno de los archivos de contenido.
En php hay que imprimir todo el contenido html con print y las css facilitan esto pues es más facil escribir y/o editar el estilo de mil lineas como esta:
print '<p class="estilo1">hdasdhkfashfjkhsjkfakj</p>'
por que cambiarias el estilo en el archivo css, que modificar mil lineas como estas
print '<font size=12px face="Arial" color=green><p><b>hshkahdashdahkhak</b></p></font>