Un ejecutable solo tiene 1 punto de entrada.
Ahora bien, depende de qué partes quieras linkear en tu programa, puedes decirle al linker cuál quieres que sea la función por la que empiece el programa.

No tiene mucho tema.
El main es solo una función más. En el proceso de linking, se utiliza como punto de entrada.

Luego, no sé cómo está estructurado Agobot, pero si tiene varios mains, tendrán alguna razon, ya sea porque son varios ejecutables, o la razón que sea.

(Intuyo que hablas de funciones main, y no de archivos llamados "main.cpp")