En primer lugar no asignas bien los valores a la matriz...
La tratas como si fuera un array, y es un array de dos dimensiones...
Por lo que los valores debes darlos :

matriz[i][j]=0

Luego aparte, en el bucle con la i recorres filas, la fila 0, la 1 y la 2.
En cambio con las columnas solo recorres la columna 0 y la columna 1. es decir la condicion del for debe de ser mientras j<3.

Te imprime todo en una misma linea por que no haces ningun salto de linea...
En el for del buble que recorre las columnas:

printf("%d ",matriz[i][j]);
 

Y al salir de ese for que ya te encontrarías en el bucle que recorre las filas, a hacer un printf("/n"); ya que cambias de fila....