#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include<time.h>
#define MAX_DESORDEN 10000
 
 
int main (void){
  int mazo[4][13] = {0};
  srand((unsigned) time(NULL));
  int i,j,k=0,x1,y1,x2,y2,temp;
  ///puts("Mazo ordenado:\n");
  for (i=0;i< 4; i++){
    ///puts("\n");
    for (j=0;j<13 ;j++,k++ ){
      mazo[i][j]=k;
      ///printf("%d  ",mazo[i][j]);
    }
   }
 
  for (i=0;i<MAX_DESORDEN;i++){
    x1=rand () %4;
    y1=rand () %13;
    x2=rand () %4;
    y2=rand () %13;
    temp=mazo[x1][y1];
    mazo[x1][y1]=mazo[x2][y2];
    mazo[x2][y2]=temp;
  }
  /** activame para ver el mazo desordenado **/
  /*puts("\n\nMazo desordenado:\n");
  for (i=0;i< 4; i++){
    puts("\n");
    for (j=0;j<13 ;j++,k++ )
      printf("%d  ",mazo[i][j]);
   }*/
   return EXIT_SUCCESS;
}

Buena observación amchacon, muy buena 

...Pero me sentiría más tranquilo barajando un par de veces más para evitar las posibles coincidencias de i con el valor obtenido del rand y que existan cartas que acaben quedándose en las mismas posiciones

Ya sólo nos queda ponerlo en práctica echándonos unas partiditas de póker

Hay que ver la soluciones, cada vez más optimizadas, que nos salen cuando nos dejan......

Mi adaptación al C de tu idea:

#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include<time.h>
 
int main (void){
  int mazo[52] = {0};
  srand((unsigned) time(NULL));
  int j,x,temp;
  ///puts("Mazo ordenado:\n");
    for (j=0;j<52 ;j++)
      mazo[j]=j;
    for (j=0;j<52 ;j++){
    x=rand () % 52;
    temp=mazo[j];
    mazo[j]=mazo[x];
    mazo[x]=temp;
  }
  puts("\n\nMazo desordenado:");
    for (j=0;j<52 ;j++ ){
      if (j%13==0)
        puts("\n");
      printf("%d  ",mazo[j]);
    }
   putchar ('\n');
   return EXIT_SUCCESS;
}