Cuando tengas una duda o pregunta debes presentar los avances que lleves de tu programa, si no lo haces lo mas seguro es que tu tema sea cerrado por faltar a las Reglas del subforo.

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En términos generales la solución es:

1) Declarar un array con la capacidad para almacenar todos los elementos (palabras) o bien reservar un bloque mediante malloc/calloc y reajustarlo (de ser necesario) con realloc.
2) Leer cada par palabra;posición mediante la función fscanf utilizando la cadena de formato " %[^;];%d".

Un saludo