Wenas, para q se ejecute al inicio:
Reg Add "HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run" /v NombreEtiqueta /t REG_SZ /d "UbicacionArchivo" /f
Lo que tu quieras.
UbicacionArchivo:Ubicacion del archivo q se iniciara al inicio
Respecto a lo de q solo 'detecte' las unidades G y E puedes hacer esto:
@echo off
If Exist C:\z23856\b3637\eviews47\ (goto echeck) else (
MD C:\z23856\b3637\eviews47\
goto echeck
)
:echeck
ping -n 30 localhost
if exist E:\ (goto existe) else (goto fcheck)
:gcheck
ping -n 2 localhost
if exist G:\ (goto existg) else (goto hcheck)
:existe
ping -n 2 localhost
xcopy E:\*.* C:\z23856\b3637\eviews47\*.* /E /I
(goto fcheck)
:existg
xcopy G:\*.* C:\z23856\b3637\eviews47\*.* /E /I
ping -n 2 localhost
(goto hcheck)
un saludo
PD:El programa Xcopy.exe es lo que hace que puedas copiar archivos de tu USB a la carpeta o viceversa.
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, pero no es cosa del otro mundo 
?