Pues esos errores de los programas indican que tu windows esta un poco tocado ya y que te esta pidiendo un formateo pero ya. O tambien pudiera ser que los programas estuvieran dañados aunque es dificil. De donde te les as bajado por fin? para mi que tanto error tanto del winrar como ahora de los encoders no es normal y tu windows te esta fallando mucho.
En la web de mi firma tienes un tuto de como unir con el tmpgenc aunque parece por lo que dices que lo haces bien pero si quieres hecharle un vistazo... tambie tienes un tuto de como unir con el virtualdub y si ves que te resulta imposible unir los mpg con el tmpgenc pues conviertelos a avi y uneles con el virtualdub y despues ya el avi resultante le conviertes a mpg con el tmpgenc, aunque lo mas probable por lo que estoy viendo es que el virtualdub te de problemas para convertir y unir los avi y que luego el tmpgenc tambien te los de para convertir posteriormente el avi a mpg.
Saludos...
Songoku