Slikp, puedes hacerlo utilizando una sesión, para eso tienes que poner en todos los php:
y guardar
$cod_empresa o
$conexion en la superglobal
$_SESSION, por ejemplo:
$_SESSION['conexion'] = $conexion;
También puedes enviar
$cod_empresa por $_POST, por ejemplo:
header("Location: /ready.php?cod=".$cod_empresa);
y claro haciendo eso, en los métodos de la clase Crud cuando pones:
$conexion = $model->conectar();
tendras que hacer:
$conexion = $model->conectar($_SESSION['conexion']);
//o de la otra forma
$conexion = $model->conectar($_POST['cod']);