Has creado el user.dat tú mismo o con un programa en C?  

A mí con fread(nombre, sizeof(char), 10, x); en vez de fprintf me funciona.

Mirate esto: http://www.cplusplus.com/reference/cstring/
Por ejemplo strstr();
Igual que has puesto los asteriscos al principio, puedes ponerlos al final para delimitar el comando.

Esa variable se reinicia cada vez que mandas el formulario.
Solo se mandan los archivos del formulario en el que hagas submit.

http://php.net/manual/en/features.file-upload.multiple.php

Te sale "MFDLWC" debajo de la cabecera?

En HTTP el cliente tiene que mandar la petición para que el servidor responda. En este caso tu mandas un POST ( POST dir_protegido/usuario1.php HTTP/1.1\r\n ) el servidor ejecutará usuario1.php y te mandara de vuelta la salida, pero con su cabecera HTTP por delante.

Has mirado que te llega a la variable comando? Con 50 de largo no creo que te llegue.

Si sabes utilizar sockets en C, es muy sencillo:

https://en.wikipedia.org/wiki/Hypertext_Transfer_Protocol#Example_session

Para facilitar las cosas puedes hacer el bot en php también:

<?php
while(1){
        $comando = file_get_contents("http://localhost/servidor.php");
        //Aqui haces lo que quieras con el comando
        sleep(30);
}
?>
 

Tienes que pensar como si los bots fuesen clientes de una web. Cada uno de ellos se conecta cada X tiempo y la web responde con una página en blanco. Si tú colocas un comando, en vez de ver la página en blanco, tienen que ver el comando:

<?php
echo $comando;
?>

Mira bien los corchetes, tienes algo mal