Con ficheros muy pequeños, puedes hacer una comparación carácter a carácter, cuando el tamaño ya es algo mayor...dicha comparación resulta tediosa, entonces es preferible delegar en alguna función hash, da igual, vale cualquiera para esto, pués si el hash del ficheor en el PC coincide con el que tienes en el USB, el contenido será el mismo, si no es distinto.
Lo habitual que te esté pasando, es que no le das tiempo al USB a que complete la transferencia, sea porque le pasas un fichero muy grande sea porque tienes habilitado para dicha unidad "Optimizado para rendimiento", cuando deberías hbitlitar: "Optimizar para extracción rápida". Es decir, la caché de escritura termina rápido pero no se ha transferido a la unidad, tu lo retiras entonces y la caché queda perdida sin poder escribir a la unidad USB. Cuando activas la opción para 'rápida extracción', se escribe directamente a la unidad sin cachés intermedias... es lo ideal cuando lo que te interesa al usar unidades USB, es conectar, copiar y extraer... la otra opción es mejor cuando la unidad USB está permanentemente conectada.
Cuando uses la 'extracción segura' con la opción 'para rendimiento', debes darle tiempo para que la cachés escriba a la unidad... así al intentar extraer la unidad desde la 'extracción segura' (y no de otro modo) te dirá si la unidad está lista o no ara ser extraída, si no lo está tendrás que esperar... Si la retiras a la fuerza, te pasará lo que te está pasando.
Una posibilidad remota es que la unidad esté dañada... esto es más 'probable' con algunas unidades (hace años se vendieron muchas), que no tiene el tamaño real que dicen tener, pero que se venden como si lo tuvieran, luego todo lo que se supone que se escribe por encima del tamaño real, es ficiticio.. se crea entrada en la tabla de ficheros, pero el contenido del fichero no existe, lógicamente el 'exlorador de ficheros' genera un icono, para el mismo cuando se presenta la carpeta, porque lee de la tabla de ficheros la entrada que sí existe...
Mucho más raro es que un virus operara así...


