Por lo que comentas, el problema no es la programación, el problema es el algoritmo que usaste para resolverlo.
Yo no entendí Matrix y no recordaba tanto, aparentemente el programador comete fallas que no sabe corregir.
En la película Matrix, el problema no es el programador (que pueden cometer errores también); el problema es "el sistema" (de nuevo, el algoritmo usado para resolver el problema).
Saludos!