Hola!
Para evitar darle más vueltas: Bájate la tool de nirsoft WhatInStartup: https://www.nirsoft.net/utils/whatinstartup-x64.zip
Bájalo, extráelo y ejecútalo como administrador. Luego presiona CTRL+N, en "Item Type" seleciona "Registry -> User Run", en "Item Name" ingresa "Claves", en "Process Path" selecciona el path a reg.exe ("C:\Windows\System32\reg.exe") y el "parameters" agrega los parámetros que le pasas a reg.exe: import "d:\bandeja de entrada\Prueba.reg"
Al hacer click en "OK", se debería crear una entrada en HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run con el nombre que colocaste, la cual se ejecutará al iniciar el sistema.
Saludos!