no teabia entendido bien lo que quieres es que no te borre uno de los dos windows ...
bien puedes intentar dos maneras una es desde windows con daemoo tool ...
y la segunda es booteando pero segun creo no te reconoce una de las particiones poreso te lo borra..
ami me sucedia lo mismo cuando intentaba instalar ubuntu en mi pc no me reconocia windows ..y se instalava completamente ....hasi que lo hice como si instalar mac ox y me funciono solo teines que seguir este manual y ala hora de bootear te reconocera las dos particiones ubuntu
http://www.dragonjar.org/instalar-leopard-en-intel-o-amd.xhtml