Aplicaciones para la programación del apagado del PC hay a patadas, pero la opción de apagar el equipo cuando los trabajos/conversiones se han finalizado... esa opción debería ir incluida en tu conversor de vídeos, sincéramente, no he visto ningún conversor de videos que no tenga dicha opción, si el tuyo no la tiene deberías ir pensando en cambiar de software por alguno más útil.
Si piensas usar una aplicación de terceros (un programador del apagado del equipo), y vas a intentar asociar el apagado para que se apague el PC cuando tu conversor finalize las conversiones... eso no vas a poder hacerlo, ni tampoco vas a poder hacerlo creando una taréa programada de Windows, por eso te digo que lo mejor es que uses un buen software con multitud de opciones...
O cambiar de conversor, o realizar un script para medir el consumo de RAM del executable de tu conversor, y cuando la RAM del proceso séa menor de "X", usar el comando mencionado por Saberuneko para apagar el PC...
EDITO:
O tamvien puedes habilitar el modo de hibernación en tu PC... así cuando finalicen las conversiones (y teniendo en cuenta que no hayan otras operaciones en segundo plano), a los pocos minutos el PC entrará en modo hibernación y no consumirá casi energía...
Deberías comentar que aplicación usas porque estoy seguro que si es un software decente debe tener dicha opción.
Un saludo.
Tienes razón EleKtro H@cker. Mi editor de vídeo tiene la opción de apagarse cuando termina de trabajar automáticamente pero no me había dado cuenta. Saludos y gracias.