Tienes 1 "getline(archivo, leer);", así que cogerá 1 línea.

Si quieres que coja varias, tendrás que ponérselo. Si quieres que lea todo el fichero, tendrás que coger líneas con ese getline hasta que el fichero se acabe. Esto lo haces con un bucle while, por ejemplo. La condición de este bucle será que el archivo haya sido leído o no. Eso lo tienes con "archivo.eof()" (eof -> end of file):

while(!archivo.eof()) { //...

En primer lugar, cliente1, cliente2 y cliente3 son int, son números. No puedes guardar una cadena en un número. Tendrás que usar una string.

Ten en cuenta que si usas "cin >> string", solo lee 1 palabra, no una frase. Si quieres leer todo hasta que el usuario pulse ENTER, sería:

getline(cin, string);

Qué es lo que intentaste con el bucle while? Pon el código.

Oh pues, eso, empieza
Para cifrar tendrás que pedir el qué vas a cifrar a lusuario. Y tal.

Explica lo de los asteriscos que se mueven al mismo tiempo.

Probablemente no necesites hilos para eso. Ten en cuenta que el procesador es mucho más rápido que la vista humana, con lo cual mover un asterisco y luego mover el otro es lo mismo que hacerlo "al mismo tiempo".

El else se hace así:

if(){
}else if(){
}

Nótese que en tu código no pusiste el if después del else, con lo cual no es una condición.
Y pusiste ';', con lo cual se lo toma como una sentencia:

if(...);
cout << 'a';

En ese caso, el cout 'a' se va a ejecutar siempre, porque el if se termina al encontrar el ;

Este tema no estaría abierto si todos supieran xD

El tema curioso es, que la p´ñagina web de elhacker.net (no el foro), es http, y no parece tener https xD

Algunos links de elhacker.net son un poco extraños. El banner, redirije a la página http://www.elhacker.net, que es el mayor problema.

Luego, el caso extraño es que si accedes vía https a elhacker.net (https://elhacker.net), te muestra el foro en http

Hay infinitos métodos para codificar. Usa el que quieras, haz lo que quieras con lo cual la palabra se quede cifrada y sea decodificable luego.

Si la pregunta es acerca de algún método famoso, pues, tienes el método XOR, que no es más que utilizar el operador XOR con cada par de caracteres de la palabra a cifrar y de la clave:

char cifrado = texto[i] ^ clave[i];

Dadas las propiedades del XOR, la decodificación es exactamente el mismo paso: aplicar el XOR de nuevo.
https://es.wikipedia.org/wiki/Cifrado_XOR

Luego, tienes otros 2 conocidos, el cifrado César y el cifrado Vigenère. En el César, la clave es 1 letra. En el Vigenère, un conjunto de letras (recalco letras porque no se puede hacer con símbolos).
El Vigenère es exactamente lo mismo que el César, solo que vas cambiando la letra.

Estos no los explico, te queda a ti descubrirlos :p
https://es.wikipedia.org/wiki/Cifrado_C%C3%A9sar
https://es.wikipedia.org/wiki/Cifrado_de_Vigen%C3%A8re


Edito:
Ah, que ya tienes el método para codificar xD