Uhm. Tienes varias maneras.
La primera es la que supongo que te comentaron. A la hora de mostrar el menú:

if(numeroAIngresado){
    printf("Ingresar numero (%i)", numeroA);
}else{
    printf("Ingresar numero (A)");
}

Otra opción, para hacerlo más automático, sería:

char stringNumeroA[20];
stringNumeroA[0] = 'A'; // Por defecto
stringNumeroA[1] = '\0';
 
printf("Ingresar numero (%d)", stringNumeroA);
 
//...
 
// Cuando se ha ingresado A
sprintf(stringNumeroA, "%d", numeroA); // Guardamos el nuevo valor en la string

Un Sub se utiliza cuando no va a haber retorno. Es mejor utilizar Sub en estos casos, es para lo que sirve.

Curiosamente en este foro somos "4 gatos" activos y tenemos un diseño de hace 10 años jajaja

Diría que sí, que es el más utilizado. Lo que no le quita valor al resto, como las orientadas a objetos o las documentales...

Parece una pregunta de examen
Recomendable o no recomendable... Diría que simplemente depende del proyecto y sus necesidades. ~Casi cualquier sistema es adaptable a casi cualquier proyecto~

No digo mucho, pero es todo lo que tengo que decir :p

Mm haz una cosa. Escríbeme qué es lo que quieres que ocurra exactamente. El mensaje con el número "(5)", quieres que aparezca después de escribir el número, debajo, o quieres que reemplace el número de arriba?

A esto último es a lo que supongo que se refiere el que te dijo eso.

¿Qué problema te genera ese código?

El código de la respuesta, sí, sirve en C. Incluyendo la librería <windows.h>

Tendrás que explicar lo de hacerlo con una "flag". Eso es un concepto genérico que no dice mucho en este caso.

Si el tercero es juntar los 2 vectores y ordenarlos, pues nada. Metes todos los elementos en el vector, y lo ordenas. Ya tienes ahí una función para ordenar, ¿cuál es el problema entonces?

Intuyo que lo que quieres es editar lo que ya hay escrito en la consola.
Si es así, y si estás empezando en el lenguaje, te diría que pases de esto. Es más "problemático" de lo que parece.
Sinceramente, pasa de esto. Tendrás que usar una librería o la API del sistema operativo (librería windows.h en caso de windows) para hacerlo.
Si igualmente quieres hacerlo, aquí el primer comentario ya pone un código para hacerlo: https://stackoverflow.com/questions/27337481/how-to-change-a-character-in-c-console-that-was-printed-to-the-screen-earlier

Puedes hacer un archivo PHP que sirva el o los archivos.
Simplemente, dentro de ese código, compruebas si está logueado. Si no lo está, lo rechazas y lo envías a donde quieras o muestras un error de permisos.
Si está logueado, le sirves el archivo. Esto lo puedes hacer cambiando las cabeceras de la respuesta con "header()" y escribiendo el contenido del archivo.
Aquí tienes un ejemplo: http://php.net/manual/en/function.readfile.php