'i' debería darte 3. Si da 4, es por el error que te comento ahora:

La tercera vez que asignas al arreglo ese 4, pusiste ++i. Por tanto, estás asignando a la posición 3 en vez de a la 2. Tienes que poner "i++" o "i" asecas ahí. "++i" incrementa primero, con lo que sale del array.

El por qué de que 'i' te de 4 se debe a que la variable 'i' puede estar colocada justo después del array en memoria. Por tanto, al acceder a arreglo[3], estás accediendo sin querer a 'i'. Esto es algo dependiente del compilador, así que simplemente corrige el problema y nunca accedas a un array fuera de sus límites.

Para gráficos 2D/3D, probablemente quieras empezar con canvas.
Para ello, en resumen, necesitas: dibujar en canvas, recoger eventos, manejar el ciclo del juego (setTimer o setTimeout pueden ser un comienzo).

Aquí tienes algún ejemplo si quieres. (Algunos son más recientes que otros, y están hechos de diferentes maneras, así que más que una guía, serían ejemplos): http://ivancea.xyz/canvasScript.html
Ahí juegos hay pocos, pero lo importante es el uso de los gráficos.

¿Qué es "donde corresponde"?

Ten en cuenta que WindowBuilder es un plugin de Eclipse, NetBeans es otro IDE diferente.

En cualquier caso, todos esos parámetros se los puedes modificar en preferencias.
Aquí tienes la ayuda de Eclipse: http://help.eclipse.org/kepler/topic/org.eclipse.wb.swing.doc.user/html/preferences/swing/preferences_code_generation.html?cp=64_8_2_0

Eso es C#, no Java.

Fíjate en el código. El JTextArea se crea luego, no existe en ese momento.

Si quieres hacer eso, tendrás que mover las variables.

De IDE, VisualStudio 2017, Code::Blocks y VisualStudio Code, según el proyecto.
De compilador, el de VisualStudio 2017 y GCC.

De todos modos, ¿no había ya una encuesta acerca de esto?

Yo separaría el front-end del back-end. Depende de muchas cosas, vaya, pero tener un servidor corriendo para manejar las partidas per-se (en cualquier lenguaje y tecnología) podría dar más opciones.

¿No sería mejor que vieras algún tutorial de Java?

~No se hacen tareas~

El espacio de una union es, por lo menos, el del miembro más grande.
Puedes verlo con sizeof.

¿Quieres hacer un programa para hacer esquemas? Si es así, nuevamente, qué tipo de "esquemas" <exactamente> quieres que haga?
Si quieres algo que haga gráficos de algún tipo, entonces di qué experiencia tienes en esto.