temp en ese código es, como bien ahs puesto, NULL, y no un Tile.

Si trabajas con un vector de punteros, lo ideal, salvo que requieras lo contrario, es que intercambies los punteros, y no todos los campos de las estructuras a las que apuntan.
Para ello, bastaría un:

Tile* temp = ref[index1];
ref[index1] = ref[index2];
ref[index2] = temp;

Las 2 mejores opciones que tienes son: o utilizar siempre ifstream::get(), y si es \n sumas uno al contador, sin más, en un bucle; o utilizar getline y ver si la linea que lee está vacía. Ese código está bastante liado.

Además:

if (c!='\n');
else
{
}
 

Es equivalente a:

if (c=='\n'){
}
 

Y es más natural y legible esta última forma.

Cuenta el número de lineas vacías.
Si al final no colocas una linea vacía, suma 1.

La prueba me ha funcionadocorrectamente. No me fijé en todo el código,pero lo ideal es que vieras, ya que tienen el mismo tamaño, qué parte del archivo está corrupta. Más que nada, ver si es una parte grande, o pequeña. Tal vez el archivos ea más grande que tu buffer, o cualquier otro problema.

Tienes opciones, como guardar comandos en un lenguaje interpretado, por ejemplo Python (que tiene librería para implementarlo fácilmente en C/C++), e interpretarlos desde tu programa. Si lo que quieres que haga ese código es algo concreto, tal como algún tipo de cálculo o almacenar información, es una opción muy factible.

Si solo quieres guardar datos sobre el funcionamiento del programa, como haría un archivo deconfiguración, no tengo nada que decir, simplemente guardar y leer.

Si quieres guardar comandos, preferiblemente sencillos, puedes hacer tu propio intérprete de tu propio lenguaje. Digo sencillo, porque evidentemente un lenguaje completo se sale del caso. Lo ideal sería que implementases solo lo justo y necesario. Aunque la opción de interpretar otro lenguaje, como Python, la veo más factible. Siempre puedes crear tu propia librería para añadir funciones al lenguaje que ayuden a conectar con el compilado en C++.

La opción más evidente, es que programes un lenguaje interpretado, está claro. Ya a tu juicio.

Coloca un ejemplo de fichero.

Cuandpo a una variable flotante le sumas un flotante mucho menor, no se va a cambiar.
Para que lo veas con otro ejemplo, si a 10^1000 le sumas 1, va a seguir siendo 10^1000.

Desde luego se puede lograr. Como biens e ha dicho, la coma flotante trabaja con binario, y hay números contados que van a dar un resultado preciso. Si loq ue queires es saber lso decimales que tendrá un número introducido por el usuario, como bien has dicho, lee lo que el usuario ha introducido. scanf transforma cadenas a los tipso que le pongas.

Si lo que queires es saber el número de dígitos decimales de un número, te pongo 2 opciones. La priemra, la que dijo MAFUS, leerlo como cadena, comprobar los dígitos, y ya luego convertirlo a float;
Otra solución, puede ser algo del estilo de:

float n = 456.789;
int digitos = 0;
while( (float)(int)n != n){
    digitos += 1;
    n *= 10;
}

Si quieres lograr otra cosa, explícalo mejor.

Qué bucle for. Qué operador.