Hombre, depende de lo que hagas realmente. Como programador seguramente te será útil entender algunos detalles básicos, sobre todo si planeas trabajar de esto a largo término. En cuanto dejes de ser simplemente el programador Junior y te empiecen a asignar tareas más complejas, sobre todo si eres desarrollador web, te tocará meterle mano a los servidores con los que trabajas. Que si para automatizar tareas, que si para instalar un tema nuevo al wordpress de forma manual, que si para cambiar las redirecciones del Apache...seguro que muchas de estas cosas las puedes hacer mediante una aplicación gráfica, pero perderás tiempo y funcionalidad porque dependerás de estas herramientas.
Pero si te dedicas de forma exclusiva para Windows por ejemplo, pues muy poco necesitarás de Linux. Depende realmente de lo que quieras hacer con tu vida como programador.