Bueno mira, te muestro como aplicarlo a tu programa, al principio del scrip agregale este code:
if %var1% == 1 (goto seguir) else (goto ejecutar)
:ejecutar
echo start /b comosellametubat.bat >> ejecuter.bat
start /b ejecuter.bat
set var1=1
:seguir
...
Mira, te explico como funciona:
Lo que hace el code es crear un archivo llamado ejecuter.bat que cuando se ejecuta (en modo oculto por cierto) ejecuta tu batch (en modo oculto) ahora, la variable se usa para que no tenga que crear el archivo cada vez que se ejecuta tu code y ejecutarlo, sino se te armaría un bucle tremendo
Entonces,
if %var1% == 1 (goto seguir) else (goto ejecutar)
esto lo que hace es comprobar el valor de la variable "var1", si es 1 va a la etiqueta seguir (resto de tu code), de lo contrario va a crear el archivo y posteriormente a declarar la variable var1 con el valor de 1, así cuando se inicia el code se "saltea" la creación y la ejecución del ejecuter.bat
Que bueno que te haya servido, cualquier duda me mandas un Mensaje privado