[include()] Como poder enlazar un js y css al código de include

Hola.

Estoy haciendo mi primera página añadiendo PHP. Cosa que me está costando porque estoy acomplándolo a html , css y javascript.

El problema esta en que uso includes para definir los marcos de la página, uso un código totalmente html menos en el include() que añado el contenido del marco que es una etiqueta div. Hasta ahí bien, le añado el include() y me muestra solo el div que contiene el include y no el resto de la página escrita en html.

Lo mejor será poner el código.

Página principal index.php

Código

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="es" xml:lang="es">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
<head>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css" />
<script src="js/jquery-latest.js"></script>
<script language="javascript" type="text/javascript">
<!--
function gif1(){
logo1 = document.getElementById("animaciongif");
logo1.innerHTML = "<img src='imatges/gif/logob22-1.gif' width='150%' height='150%' />";
}
function gif2(){
logo2 = document.getElementById("animaciongif2");
logo2.innerHTML = "<img src='imatges/gif/logor22-1.gif' width='150%' height='150%' />";
}
function gifs(){
gif1();
setTimeout("gif2()", 1800);
}
function inicio(){
gifs();
$('#cont').animate( { height: "500px" }, { queue: false, duration: 3000 });
$('#abajo').toggle(8000);
}
-->
</script>
</head>
<body onload="inicio()">
		<?php include("menu_arriba.php"); ?>
		<div class="central">
		<?php include("logo.php"); ?>
		<div id="cont" class="contenido" div id="cont" class="contenido">
		</div>
		<div iclass="abajologo">
			</div>
		</div>
			<div id="abajo" class="abajo">
				<img id="boton1" class="boton1" src="imatges/botons/botonbat1.png"/>
				<img id="boton2" class="boton2" src="imatges/botons/batoros1.png"/>
				<img id="boton3" class="boton2" src="imatges/botons/bototreballs1.png"/>
				<img id="boton4" class="boton2" src="imatges/botons/botoinfo1.png"/>
				<img id="boton5" class="boton2" src="imatges/botons/botocontacte1.png"/>
			</div>
</body>
<html>

Lo que incluye el primer include que SI funciona: menu_arriba.php

Código

<div class="arriba">
	<p>Pruebas   Pruebas Pruebas Pruebas Pruebas</p>
</div>

El include que no me muestra nada: logo.php

Código

<div class="logo">
		<img id="animaciongif"/>
		<img id="animaciongif2"/>	
</div>

La pregunta es, como lo hago para poder mostrar toda la página con el javascript escrito en la página index y el css?

Gracias de antemano