Ejecuta ls /home/user/Escritorio si tienes Ubuntu.

Por cierto, yo tampoco entiendo la relación, no debería de suceder eso.

gracias por responder. Tengo Ubuntu. Y ya probé con el comando ls, e includo ls -l. Y el resultado es "total 0"
Es que lo curioso es que desapareció todo el contenido de un monitor, salvo una carpeta que estaba visualmente en el otro.
La verdad que con esto me estoy volviendo algo loca, porque me parece rarísimo. Mañana probaré con el live, y comentaré. Gracias de nuevo.

¿Has ejecutado también ls -a $HOME/Escritorio/ como te ha dicho gankutsuo?

Si está todo "perdido" prefiero que sean otros los que te aconsejen, nunca he tenido que entrar en el recovery mode, aunque se que está ahí jaja en el GRUB.

Bueno espero que te pueda ayudar algo.

En primer lugar un monitor es un dispositivo de salida por lo que conectes uno, dos o mil no vas a tener problemas con los archivos que tengas, salvo que los hayas borrado accidentalmente.

Por lo que si descartamos el borrado accidental, es posible que dependiendo de la distro que uses y como la tengas configurada en vez de en /home/Escritorio los archivos los tuvieras en /home/Desktop.

De cualquier modo antes de reinstalar nada si sabes los nombres de los archivos buscalos en todo el arbol de directorios . Ej. find / -name '<nombre de mis archivos>', siempre como root, y así podrás comprobar si los has borrado o que sucede.

Otra opción es volver a instalar los dos monitores que tenías originalmente antes de que tubieras el problema. Y descartas lo de los duendes informáticos, que como as meigas haberlos hailos. 

Saludos y suerte.